南アメリカ沿岸部（チリ・ペルーなど）の暖かい気候の地域に生息しています。
18種類いるペンギンの中では中型です。クチバシはナイフの様に鋭くとがっていて、歯はありません。
腹部には1本黒い羽毛の帯があり、羽は全身に付いています。お尻の少し上にある尾脂線から脂をとり、それを体に塗ることで水をはじき、さらに小さな羽が隙間無く付いている事により耐水、耐寒の効果があるります。
水深10m前後の浅いところを泳ぐ事が多く、約18〜47秒ほど潜水しています。またおよぐスピードは、約1.7/秒〜1.9/秒ほどです。
主に魚類中心の食性で、魚は丸飲みし、直接胃にいきます。クチバシが鋭く、噛みつく力も強いので、一度捕まえた魚は逃がしません。朝、海に出て夕方戻るというのが習慣のようです。
繁殖は、一度失敗しても年に何回も卵を産み、換羽期以外は繁殖シーズンといわれています。巣は岩場や洞窟、石の隙間などを利用します。地表に長く狭いトンネルを掘ることもあります。
現在、フンボルトペンギンは人間による卵の採取や、食料のイワシなどの乱獲、また環境破壊による生息地の減少など様々な問題により絶滅が危惧されている種です。野生での生息頭数は約15.000羽前後しかいません。そのためワシントン条約による保護の対象になり、動物園や水族館でも保護、繁殖が行われています。